二类医疗器械经营备案凭证与医疗器械经营许可证办理条件有差异:
国家药监局要求，办理第三类医疗器械经营许可证的企业，必须使用符合医疗器械经营质量管理规范的GSP软件(证标客公司由自主研发的GSP软件)而对于办理第二类医疗器械经营备案证的企业，国家药监局是建议使用GSP软件，但不是强制要求。从所提交资料方面来说，申请第三类医疗器械经营许可证提交的资料需要包括计算机信息管理系统基本情况介绍和功能说明，而获取第二类医疗器械经营备案凭证所提交的资料则不需要。
三、医疗器械经营备案凭证与医疗器械经营许可证效期有差异:
从有效期方面来说，第二类医疗器械经营备案凭证暂时没有规定都是长期有效期，而医疗器械经营许可证的有效期为5年。