瑞士商标申请审查包括形式审查和实质审查。申请人按照法定的申请文件向知识产权注册处递交商标注册申请，并缴纳规定费用后，瑞士联邦知识产权局（IGE）将会对申请材料的格式及内容是否存在缺陷进行初步审查。
商标申请通过形式审查后，IGE会对其进行实质审查，审核商标是否具有可注册性、是否违反商标法的禁用条款等。如果申请材料通过审查，IGE将发出核准注册通知。同时，申请文件将会被刊登在swissreg官方公报上。此后3个月内，任何第三方可对该商标注册提出异议。若无异议或经程序裁定异议不成立，IGE将签发商标注册证书。
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