兽药经营许可证的办理流程为：
（1）拟经营兽药的单位，向市畜牧局医政药政科提出申请，填写兽药经营许可证申请审批表。申请内容含申请经营兽药品种及仓库设备等内容。
（2）在受理申请后，需提供有关资料。
（3）收到《兽药经营许可证》批件后，到当地办理有关营业执照等手续，方可营业。符合规定条件的，申请人方可向市、县人民政府兽医行政管理部门提出申请，并附具符合前款规定条件的证明材料;经营兽用生物制品的，应当向省、自治区、直辖市人民政府兽医行政管理部门提出申请，并附具符合前款规定条件的证明材料。法律依据《兽药管理条例》第二十二条 经营兽药的企业，应当
需拥有下列条件：
(一)与所经营的兽药相适应的兽药技术人员;
(二)与所经营的兽药相适应的营业场所、设备、仓库设施;
(三)与所经营的兽药相适应的质量管理机构或者人员;
(四)兽药经营质量管理规范规定的其他经营条件。符合前款规定条件的，申请人方可向市、县人民政府兽医行政管理部门提出申请，并附具符合前款规定条件的证明材料;经营兽用生物制品的，应当向省、自治区、直辖市人民政府兽医行政管理部门提出申请，并附具符合前款规定条件的证明材料。县级以上地方人民政府兽医行政管理部门，应当自收到申请之日起30个工作日内完成审查。审查合格的，发给兽药经营许可证;不合格的，应当书面通知申请人。
