合同在土库曼斯坦大使馆进行认证加签的流程和注意事项如下：
一、流程：
1. 准备文件：首先需要准备好需要认证的文件，如合同等。
2. 公证处公证：将文件送至当地公证处进行公证。
3. 中国外交部认证：完成公证后，将文件送至中国外交部进行认证。
4. 土库曼斯坦大使馆认证加签：完成中国外交部认证后，将文件送至土库曼斯坦大使馆进行认证加签。
二、注意事项：
1. 了解土库曼斯坦的相关法律法规和商业习惯，确保合同内容符合当地法律法规和商业惯例。
2. 确保文件的真实性和合法性，避免出现虚假信息或非法内容。
3. 了解土库曼斯坦大使馆的认证加签要求和流程，确保文件符合要求并按照正确的流程进行操作。
4. 注意文件的时效性，确保在有效期内完成所有认证加签手续。
5. 准备好相关费用，包括公证费、外交部认证费、大使馆认证加签费等。
6. 在提交文件前，建议先进行预审，确保文件没有错误或遗漏，避免因文件问题导致延误或重复操作。
三、具体步骤可能因实际情况而有所不同，建议在操作前与土库曼斯坦大使馆或专业机构进行确认。
以上信息仅供参考，如需更详细的信息，建议咨询土库曼斯坦大使馆或专业的涉外法律服务机构。