合同在巴基斯坦大使馆认证的申请流程和所需资料如下：
一、所需资料：
1. 合同原件或复印件：需要提供待认证的合同文本。
2. 申请人身份证明：如申请人的护照复印件或身份证明文件。
3. 大使馆认证申请表：需要填写完整的认证申请表，包括申请人信息、合同信息等。
4. 公证处要求的其他相关文件或证明。
二、申请流程：
1. 准备相关文件和资料：按照上述所需资料清单，准备好合同原件或复印件、申请人身份证明、大使馆认证申请表以及其他可能需要的文件或证明。
2. 翻译合同文件：如果合同不是用英文书写的，需要找专业的翻译公司或个人进行翻译，并附上翻译件的公证。
3. 公证：将准备好的合同文件送至当地公证处进行公证，公证处会对文件进行核实并出具公证书。
4. 递交至巴基斯坦大使馆：将公证后的合同文件及公证书递交至巴基斯坦大使馆。
5. 缴纳费用：按照大使馆的要求缴纳相应的认证费用。
6. 等待审核和认证：巴基斯坦大使馆会对递交的文件进行审核，审核通过后，会出具领事认证书或大使馆认证书。
7. 领取认证书：根据大使馆的通知，前往指定地点领取认证书。
请注意，以上流程和要求可能会因具体情况而有所不同，建议在申请前先与专业代办机构联系，确认具体的申请要求和流程。