质谱数据质量控制

质谱数据质量控制

       质谱下机的数据，在搜库完成后，需要进行一系列质控，保证结果质量符合标准。包括肽段长度分布、母离子质量容差分布、肽段数分布、蛋白覆盖度分布、蛋白分子量分布。

肽段长度分布

       大部分肽段分布在7-20个氨基酸，符合基于trypsin酶解和HCD碎裂方式的一般规律。其中小于5个氨基酸的肽段由于产生的碎片离子过少，不能产生有效的序列鉴定。大于20个氨基酸的肽段由于质量和电荷数较高，不适合HCD的碎裂方式。质谱鉴定到的肽段长度的分布符合质控要求。

肽段质量容差分布

       绝大多数谱图的一级质量误差在10ppm以内，符合轨道阱质谱的高精度特性。表明质谱仪的质量精度正常， 不会由于质量偏差过大而影响到蛋白的定性定量分析。谱图匹配肽段的得分(表征肽段鉴定的可信度)与质量偏差的分布成负相关关系。得分越高，质量偏差越小。

肽段数量分布

       大部分蛋白对应两个以上肽段。在定量时，一个蛋白对应多个特异性肽段(或对应多张谱图)有利于增加定量结果的jingque性和可信性。

蛋白覆盖度分布

       大部分蛋白的覆盖度在20%以下。在基于shotgun(也叫bottom-up)策略的质谱分析方法中，质谱优先扫描丰度较高的肽段。蛋白的覆盖率和在样品中的丰度成正相关关系。在真菌全蛋白组中，绝大多数为中低丰度蛋白，在质谱的鉴定结果中覆盖率较低。

蛋白分子量分布

       10KD以下蛋白(更偏向多肽的性质)由于多次沉淀和漂洗而丢失；10KD以上蛋白分布比较均匀，表明在样品制备过程中对于10KD以上的蛋白没有产生分子量上的明显偏倚，分子量较大的蛋白(100KD以上)没有因为可溶性差而在制备过程中丢失。