毛细管电泳聚丙烯酰胺凝胶电泳（CE-SDS）与毛细管等电聚焦（cIEF/iCIEF）已广泛取代传统的凝胶电泳与平板等电聚焦，成为生物药质量控制的核心方法。前者用于测定基于大小的纯度与片段，后者用于分析电荷异质性。这两种技术因其更高的分辨率、重现性与自动化程度，被广泛应用于生物药的表征、放行检测、稳定性研究及生物类似药可比性评价中。
CE-SDS的分离结果相对稳健，但准确性高度依赖样品前处理，易产生非真实存在的假象。非还原条件下加热可能导致二硫键重排与片段化，通常需使用烷基化试剂抑制；还原条件则受还原剂浓度、温度与时间影响，不足或过度均会引入误差。部分药典方法在实际应用中可能引发方法诱导的部分还原，USP等规程仅作为起点，必须针对具体分子进行适用性验证。积分规则需严格锁定，制剂辅料与高盐基质也需通过空白对照排除干扰。
iCIEF已成为电荷异质性分析的业界标准，其通过整柱成像替代了传统cIEF的峰洗脱步骤。电荷变体主要源于脱酰胺、唾液酸化、C端赖氨酸加工及糖基化等修饰。影响结果的关键参数包括载体两性电解质组成与批次更换时的桥接检查、等电点标记物的选择、缓冲液交换除盐以及聚焦时间。对于药物抗体比（DAR）较高的抗体偶联药物（ADC），由于连接子与载荷增加了疏水性与异质性，通常需要延长聚焦时间以优化分离效果。
单一电泳结果无法完整表征生物药，监管机构要求采用正交方法组合。例如CE-SDS需与尺寸排阻色谱（SEC）联用检测聚集体，cIEF需与离子交换色谱或质谱联用以确认电荷变体身份。在QC实验室运行中，建议使用产品专用参考标准品并追踪系统适用性数据。实验室需按进样次数而非样品数规划仪器容量，保留冗余设备；对新批次的毛细管、凝胶缓冲液、两性电解质及标记物必须进行入厂鉴定。方法转移至CDMO或其他场地时，需明确移交积分规则、前处理细节与接受标准，并完成对比研究。
双特异性抗体、融合蛋白及新型工程化制剂的出现对常规IgG方法提出了更高要求，平台方法不可直接套用，必须在项目计划中预留方法开发时间。实验室管理者应建立标准化核查清单：确认各产品在不同阶段所需的CE-SDS与电荷分析方法；验证药典或平台方法是否存在方法诱导假象；将积分规则与前处理条件固化于方法文档；明确参考标准品与系统适用性指标的正交配对方案；落实仪器确认、软件验证、数据完整性控制及人员培训，确保每项技术作为完整系统为每个分子提供一致可靠的结果。