增值电信业务经营许可证是可以通过网上申请的，先网上提交电子版的资料申请，审批部门受理之后再拿着相关的纸质材料去窗口递交资料申请或者是可以通过邮寄的方式把相关纸质材料邮寄给审批单位。
按照楼主说的的业务是电商平台那需要申请的就是EDI许可证，这个许可证的申请是在本省或者是本地区的通信管理局申请，例如广东省有一个省通信管理局，深圳自己也有一个通信管理局，深圳的就是受理深圳和惠州地区的，省管局主要是负责广东省其他地区的申请。所以这个需要根据本省的实际情况确定是在哪里申请，山东也是比较特殊的，有省管局，青岛也有自己的管局。