上海公司变更自然人股东完税申请流程：
1、自然人电子税务局在线申请；
2、一网通办“个人股权变更一件事”填报；
3、等税务审批公司股权变更流程1、变更材料：变更登记申请表；章程修正案；股权转让协议；股东会决议；自然人股东股权变更完税情况表；营业执照正副本；公章；新股东身份证复印件；所有股东实名认证。
4、办理方式：先做税务申请，取得自然人股东股权变更完税情况表后，代理人携带齐全的变更材料和公司资料，去工商窗口办理公司股权变更。
5、时间：一般3到5个工作日可以完成变更。如果涉及公司法人变更还需要进行税务，银行变更、更换印章。