申请快手小店蛋白粉、菌菇酵素类目需要按照以下步骤操作：
1. 首先，您需要在快手开通个人开店资格。如果您还没有开通，可以登录快手商家中心点击“免费开通”进行开通。
2. 登录快手商家中心，点击“店铺管理”进入店铺页面，再点击“商品管理”进入商品页面。
3. 在商品页面，点击“添加商品”，填写商品信息，选择“蛋白粉”或“菌菇酵素”类目。
4. 在填写商品信息时，要注意分类、品牌、规格、厂家等信息的填写。
5. 在商品详情页，需要填写商品的描述、图片等信息。需要注意的是，图片要求清晰、美观，且符合快手的规定。
6. 在填写完商品信息后，需要等待快手审核。审核通过之后，您的商品就能够上架销售了。
需要注意的是，申请快手小店蛋白粉、菌菇酵素类目需要提交相关的资质证明，例如产品质检报告、生产许可证等，以证明商品的安全、质量、合规等方面。