水生蔬菜系统，这种方式就如中国的稻鱼共作系统，不同之处在于养殖与种植分离式共生，即于栽培田块铺上防水布，返填回淤泥或土壤，然后浇水，构建水生蔬菜种植床。
把养殖池的水直接排放农田，再从另一端返还叫集回流至养殖池，这样废水在防水布铺设下无渗漏，而水生蔬菜又能充分滤化废液，同样达到良好的生物过滤作用，有点类似自然的沼泽湿地系统。如茭白与鱼共生、水芋慈姑等水生蔬菜的共生，都可以采用该系统设计。
目前，鱼菜共生行业中对于“鱼”的选择中比较成功的大概是：罗非鱼、鲤鱼、鲫鱼、草鱼、宝石鲈鱼、池塘淤泥、加州鲈鱼、澳洲淡水石斑鱼等，而观赏鱼可以喂养锦鲤、斗鱼、金鱼等。另外还有南美对虾，在鱼菜共生模式有不少的成功案例，毕竟南美对虾的价格还是不错的。
鱼菜共生系统中的菜，它只是作物附属的产品存在，原因上面也简单说了，大体就是这个意思。而对于这个菜的种植方式而言，鱼菜共生技术，基本以无土栽培模式。其中也就是水培模式或者基质栽培模式，主要是利用鱼粪给蔬菜种植的养分供给。
目前的鱼菜共生案例中了解，对于蔬菜品种的选择原则：容易成活为主。从目前的实际案例，基本以绿叶的蔬菜为主，西红柿、黄瓜、茄子、草莓、西瓜、平菇、香菇、木耳、生菜、木耳菜、油菜、菠菜小白菜、油麦菜等。这些在种植过程中还是比较容易得，但实际的市场价格并不高。看重是就是是否容易成活，这一点很重要。鱼菜共生模式，对于农业整体发展而言，这个确实是不错的。但现在对于鱼菜共生模式而言，主要还是以鱼为主，才为辅。对于这一点，还是与实际的国情有关系。尤其是传统蔬菜种植的规模还是比较大的，蔬菜价格就一般了。它的整体发展还需要很大的时间和空间，也是算是农业发展的一部分。
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