蛋白质磷酸化修饰（Phosphorylation）是生物体内zuì重要的共价修饰方式之一，指ATP的磷酸基团在蛋白激酶作用下共价转移到蛋白质的特定氨基酸（Ser、Tyr、Thr）残基上的过程，是目前分布zuì多、也是zuì广泛研究的修饰。不同的蛋白激酶在其靶蛋白中显示出广泛的底物特异性，了解磷酸化位点周围的氨基酸序列对于确定负责调节蛋白激酶活性的激酶类别至关重要。
蛋白质磷酸化位点的分析是后基因组时代的主要挑战之一。为了理解可逆磷酸化在细胞信号传导中的作用，必须确定磷酸化位点在磷蛋白中的jīng确位置，以及这些翻译后修饰对蛋白功能的影响。基于质谱（MS）的方法是鉴定磷酸化位点的shǒu选方法，发生磷酸化修饰的氨基酸上共价连接磷酸基团，这会使其分子质量相应的增加一个磷酸基团的值（79.97Da），利用MS可以jīng确的检测肽段分子量是否发生79.97Da的质量偏移，从而检测磷酸化修饰肽段及修饰位点。
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