蛋白质功能富集分析

应用场景

       高通量蛋白质组学分析往往会得到大量差异表达蛋白，简单的统计很难将这些差异蛋白与某个待研究的生物学现象及其潜在机制联系起来。功能富集分析可以帮助我们快速从庞杂的组学数据中发掘规律，期望发现在生物学过程中起关键作用的生物通路，从而揭示和理解生物学过程的基本分子机制。

分析方法

       富集分析采用 Fisher jingque检验方法检测待测功能集在差异蛋白中是否显著富集。这些功能集可以是 Gene Ontology 功能、KEGG 通路、蛋白结构域、Complex（复合体）等。富集分析结果通常用富集程度（fold enrichment），富集显著性（p value）两个特征来描述差异蛋白在指定功能集中的富集情况，当 p value < 0.05 时认为富集是具有统计学意义的。

1) GO富集分析

注 ：显著富集 GO 功能气泡图。 横轴表示 log2 转换的富集倍数；纵轴为 GO 功能描述。点的颜色表示富集显著性，红色代表富集显著性强；点的大小表示 GO 功能分类中差异蛋白个数。

注：GO 功能有向无环网络图。 红色代表极显著富集 GO 分类，黄色代表显著富集GO 分类，蓝色代表非显著富集 GO 分类，带箭头的连线表示 GO 分类的上下层级关系，点的大小代表富集程度。

2) KEGG富集分析

注：显著富集 KEGG 通路气泡图。 横轴表示 log2 转换的富集倍数；纵轴为 KEGG 通路描述。点的颜色表示富集显著性，红色代表富集显著性强；点的大小表示 KEGG 通路中差异蛋白个数。

注：差异表达蛋白显著富集KEGG通路图。红色代表差异上调蛋白，绿色代表差异下调蛋白，黄色代表存在差异上调和差异下调蛋白。

3) 蛋白结构域富集分析

注 ：显著富集蛋白结构域气泡图。 横轴表示 log2 转换的富集倍数；纵轴为蛋白结构域描述。点的颜色表示富集显著性，红色代表富集显著性强；点的大小表示蛋白结构域中差异蛋白个数。

4) 蛋白复合物富集分析

注：显著富集蛋白复合物气泡图。 横轴表示 log2 转换的富集倍数；纵轴为蛋白复合物。点的颜色表示富集显著性，红色代表富集显著性强；点的大小表示蛋白复合物中差异蛋白个数（物种jinxian人、小鼠）。