如果实际办理流程和参考流程有差异，应该按照当地有关部门提供的流程办理。可以采取以下步骤：
了解差异原因：仔细了解实际办理流程和参考流程之间存在差异的原因。可能是因为政策规定、地区情况、时间变化等原因导致流程有所调整。
确认新流程：确认实际办理流程是符合当地有关部门新规定的流程。如果不确定，可以咨询当地有关部门，了解新的流程和政策。
遵循当地流程：根据当地有关部门提供的流程办理食品经营许可证。如果实际办理流程和参考流程存在较大差异，可以向当地有关部门咨询，了解原因并提供必要的材料和说明。
了解相关政策和规定：在办理食品经营许可证之前，需要了解相关政策和规定。这些政策和规定可能会影响办理流程和申请材料的要求。如有疑问，可以咨询当地有关部门或网站。
总之，实际办理流程和参考流程有差异时，需要按照当地有关部门提供的流程办理，并了解相关政策和规定。如有疑问，可以咨询当地有关部门或网站。