海淀区小餐饮经营许可证的办理流程如下：
确定主体法人资格。新设小餐饮经营企业应当具备《中华人民共和国民法通则》规定的企业法人资格。
准备相关材料。需要准备的资料包括营业执照复印件、经营场所租赁合同或产权证复印件、营业场地图复印件等。
提交申请。将相关材料提交给当地食品药品监督管理局进行审核。
审核材料。食品药品监督管理局会对提交的材料进行审核，确保申请者符合法定的要求。
现场检查。审核通过后，食品药品监督管理局将组织人员对申请者的经营场所进行现场检查，确保其符合食品安全卫生标准。
发证。经过审核和现场检查，符合要求的小餐饮店就可以获得食品许可证了。
请注意，以上流程可能因地区和具体政策的不同而略有差异。在开始办理之前，建议咨询当地食品药品监督管理局了解具体要求和步骤。