肠道微生物以其庞大的数量和基因组数目被称为人体的另一个“器官”，也被称为人体的“第二基因组”。这些微生物主要通过小分子代谢产物与机体进行密切的相互作用，影响机体的代谢、免疫、疾病以及神经系统等多个方面，如消化吸收能力、抵御感染风险的能力以及对疾病治疗药物的反应等，在机体的生理病理以及稳态调节中起着重要的作用。
转录组是指在特定发育阶段或生理条件下转录得到的所有mRNA 分子的集合，是基因表达的中间状态，可以作为桥梁将基因表达与下游的zuì终翻译物质联系起来，在整体水平上研究基因转录及转录调控的规律。代谢组是基因转录的zuì终结果，将转录组与代谢组联合起来研究肠道微生物，可以探究基因表达与代谢物的间接联系、因果关系，从原因和结果两个层面系统全面的解析生物分子功能和调控机理，同时可以结合功能注释和代谢通路富集等生物信息学分析，筛选重点代谢通路、基因以及代谢产物进行后续深入研究，建立相关代谢通路的分子生物学变化机制模型。
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