蛋白磷酸化就是在酶的作用下蛋白质的特定氨基酸共价结合磷酸基团的过程。发生了磷酸化修饰的蛋白质比没有发生修饰的蛋白质分子质量增加了磷酸基团的质量，液相色谱串联质谱技术（LC-MS）就是通过分析这种分子质量变化来判断蛋白是否发生磷酸化修饰。
对于一个特定的已知序列得蛋白质，其分子质量是确定的，磷酸基团的分子质量也是已知的，通过质谱检测各肽段的分子质量，若其分子质量刚好增加了磷酸基团的值，就可以判定该蛋白发生了磷酸化修饰。利用LC-MS鉴定蛋白磷酸化的大致流程为将待测蛋白样品酶解消化为小分子肽段并依次进行色谱-质谱检测，结合生物信息学方法以及相关软件数据库对各肽段的质谱数据进行分析，可以鉴定各肽段的分子质量，从而判定其是否含有磷酸基团。
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