世界卫生组织将卡氏毛孢子菌（Candida auris）列为“最优先群”真菌。日本抗微生物药物耐药性（AMR）临床参考中心依据政府《AMR对策行动计划2023-2027》，于2026年3月公开该菌诊疗指南第2.0版，并于同年7月更新至第2.1版。
该菌因多重耐药性及强环境适应力受关注。多国分离株调查显示，93%对氟康唑耐药，35%对两性霉素B耐药，41%对两种以上抗真菌药耐药，部分株系对三大类主要抗真菌药均耐药。其在环境表面可存活超3周，塑料器具上可达4周，人体定植期可超3个月。引发侵袭性感染时致死率达30%至60%，海外报告仅约1成感染者发病。
按基因型分为多个系统（clade）。日本国内检出多为cladeⅡ，均为非侵袭性局部感染，药物敏感性较好；海外流行cladeⅠ、Ⅲ、Ⅳ则易引发侵袭性感染且耐药率高。国立国际医疗研究中心感染症中心石金正裕医师指出，随着跨国人员流动频繁，海外高毒力菌株输入并在日本本土传播的风险不容忽视。
诊断方面，选择培养基仅用于疑似病例筛查，无法准确鉴定菌种。指南明确推荐采用质谱分析法或基因检测法进行确诊。治疗侵袭性感染需使用抗真菌药物，基于耐药倾向与药敏试验数据，一线用药为棘白菌素类，二线用药为脂质体两性霉素B。治疗期间需反复进行血液培养评估疗效，并重复药敏试验监测耐药变化。重症病例建议采用米卡芬净联合脂质体两性霉素B的双药方案。
预防控制除标准预防措施与接触隔离外，需彻底清洁消毒床栏、门把手等高频接触物品，实行医疗器械专人专用，患者出院后须进行病房终末消毒。接触者筛查应重点检查腋窝与腹股沟区域。若发现确诊病例或疑似病例，实施严格接触预防策后应立即向所在地保健所报告，由行政机构逐级共享信息并下达防控指示。
过去一年内具有海外医疗机构住院史是怀疑该菌感染或携带的重要指征。截至2026年6月，日本尚未报告院内暴发疫情，国内病例主要为从耳部标本检出的cladeⅡ局部感染。石金正裕呼吁医疗机构充分利用最新指南，阻断耐药菌输入与扩散。