通州区食品经营许可证的审核流程一般包括以下步骤：
申请。申请人通过通州区食品药品监督管理局的网站进行网上申报。
受理。网上提交成功后5个工作日内，对资料进行审核。如果材料不齐全或不符合要求，会通过网上审批系统向申请人发出补正材料通知；如果不属于本部门职权范围或申请事项不需行政许可，将不予受理，并通过网上审批系统向申请人发出不予受理的理由及通知；如果符合申请要求，将向申请人发出电子《受理通知书》。
审查。在审查过程中，如果需要配合环节，申请人应积极配合。
决定。审查完成后，由决定机构作出准予许可或不予许可的决定。
制证发证。如果准予许可的事项，网上即时生成《药品生产许可证》电子证书。生成电子证书的同时，即时通知申请人可获取行政许可电子证书，或申请人凭《受理通知单》和身份证领取证件。
需要注意的是，具体的审核流程可能会因通州区相关规定不同而有所区别，建议具体咨询通州区市场监督管理局或相关部门了解详细信息。