转让民办非企业单位的基金会时，通常需要准备以下材料：
变更登记申请书：
详细阐述变更事项的《民办非企业单位变更登记申请书》，需明确说明转让的相关情况，如原出资人与新出资人信息、转让原因等。
业务主管单位同意文件：
民办非企业单位的转让需要先取得业务主管单位的审查同意。业务主管单位会对转让的必要性、合理性以及受让方的资质等进行审核，并出具同意转让的批复文件。
原登记证书：
提供民办非企业单位的原登记证书正、副本原件，这是证明其合法身份的重要文件。
转让协议及公证书：
转让双方签订的转让协议，协议中需明确双方的权利义务、转让价格、交接事宜等内容，并经过公证以增强法律效力。
新出资人（受让方）的主体资格证明：
根据受让方的不同性质，提供相应的主体资格证明。如受让方是企业，需提交营业执照副本复印件；如果是事业法人，需提交事业法人登记证书复印件；如果是社团法人，需提交社团法人登记证复印件；如果是民办非企业单位，需提交民办非企业单位证书复印件；如果是自然人，需提交身份证件复印件。
财务审计报告：
由专业的会计师事务所出具，能够反映民办非企业单位的财务状况，包括资产、负债、收入、支出等情况。这有助于确保转让过程的透明度和合规性。
税务清税证明：
证明在转让前该民办非企业单位的税务问题已处理完毕，不存在税务纠纷。
新任法定代表人的身份证明及无犯罪记录证明：
如涉及法定代表人变更，需提交新任法定代表人的身份证明及无犯罪记录证明，确保其符合担任法定代表人的条件。
其他相关材料：
根据具体情况可能需要提供章程修正案（若章程有修改）、董事会决议（若有相关决策程序）等其他相关法律文件。