蛋白互作网络功能模块分析

应用场景

       在蛋白互作网络中，连通性高的区域（模块）可能经常代表着蛋白复合物或某些功能通路的组成部分，这些模块可用于预测实验关键调节生物过程或核心蛋白簇。

分析方法

       通过与STRING蛋白网络互作数据库比对后，提取confidence score > 0.7（high confidence）的蛋白集合互作关系，用Cytoscape软件对蛋白互作网络进行可视化。使用MCODE插件挖掘网络中具有高连通性的模块，进而对模块中的蛋白进行功能富集分析，标记出每个模块可能参与的关键生物过程。

图表展示

       注：差异蛋白互作网络功能模块分析。网络中的点代表差异表达蛋白，红色代表差异上调，蓝色代表差异下调，点的大小代表互作蛋白的个数。网络图中突出展示了三个高连通性的模块及其参与的生物功能。

参考文献

       An automated method for finding molecular complexes in large protein interaction network.